संस्थान के शासी निकाय ने संस्थान के विभिन्न वैज्ञानिक प्रभागों द्वारा किये जाने वाले अध्ययन कार्यक्रमों पर विचार करने और टीएसी को सिफारिश करने एवं कार्य की प्रगति की समीक्षा करने के लिए निदेशक, राजसं की अध्यक्षता में तीन कार्यकारी समूहों का गठन किया है। केंद्र और राज्य सरकारों दोनों से एवं शैक्षणिक तथा अनुसंधान संस्थानों के विभिन्न संगठनों के विशेष क्षेत्रों के विशेषज्ञ कार्य समूहों के सदस्य हैं। कार्यकारी समूह के सदस्यों को विभिन्न केंद्रीय और राज्य सरकारों के संगठनों, विश्वविद्यालयों और जलविज्ञान और जल संसाधनों के क्षेत्र में काम करने वाले व्यक्तिगत विशेषज्ञों में से चुना जाता है। कार्य समूहों का गठन नीचे दिया गया है।