राष्ट्रीय जलविज्ञान संस्थान परिसर में वर्ष 1985 से जल मौसमविज्ञान वेधशाला प्रचालन में है। इसमें निम्नलिखित उपकरण लगे हुए हैं :- (i) साधरण वर्षामापी, (ii) स्वतः लेखी वर्षामापी (साईफन), (iii) अधिकतम एवं न्यूनतम तापमापी, (iv) शुष्क एवं आर्द बल्ब तापमापी, (v) थार्मोग्राफ, (vi) हाइग्रोग्राफ, (vii) पवन वेगमापी, और, (viii) पात्र वाष्पन मापी, (ix) सनसाइन रिकार्डर एवं, (x) स्वचालित मौसम केंद्र। इन उपकरणों से प्रतिदिन 08:30 बजे पूर्वा.एवं 05:30 अपराह्न पर अधिकतम तापमान, न्यूनतम तापमान, सापेक्षिक आर्द्रता, वर्षा वाष्पन, धूप की अवधि, वायुगति तथा वायुदिशा आदि जैसे प्रेक्षणों के आंकड़े लिए जते हैं। राष्ट्रीय जलविज्ञान संस्थान परिसार में एकत्र किये गये आंकड़े विभिन्न शोध संस्थाओं, राज्य सरकार के विभागों एवं शोध छात्रों को उनके अनुरोध पर उपलब्ध कराये जाते हैं। संस्थान के मुख्य भवन में आम जनता की जानकारी के लिए मौसम संबंधी नवीनतम रिकार्डेड प्राचलों को एक वैदर डिस्पले यूनिट के माध्यम से प्रदर्शित किया जाता है।